Paper Search Codex Plugins

本仓库是 paper-search 工作流的 Codex 插件市场源，目前发布 EPI 和 PRW 两个协作插件。

EPI 是什么

EPI 是通用论文智能工作流插件，不默认绑定某个学科方向。它围绕用户画像、当前研究问题、领域关键词、排除词、venue prior 和质量门控来运行，目标是把高质量论文从检索候选推进到可沉淀的知识包。

A general academic paper intelligence workflow: it searches, ranks, preserves, parses, reads, critic-checks, stages, reports, and hands papers to an agent-mediated Obsidian/LLM Wiki ingest flow.

MinerU parsing is an internal EPI helper capability, not as a separate marketplace plugin; in other words, it is not a separate marketplace plugin.

PRW 是什么

PRW 是 Paper Research Wiki 插件。它不是论文检索器，而是 EPI 之后的正式论文 wiki 写入、问答和维护层：读取 EPI source bundle、handoff、source review 和正式 wiki 图谱，按目标 vault contract 回答研究问题、写入或修复正式页面，并处理检测、更新、重做、重link、语言 gate、tracking 文件和 QMD 兼容检查。

PRW exposes one user-facing paper wiki assistant for read-only wiki Q&A, source-map-grounded deposition, wiki checks, updates, relinking, and redo/deep extraction. EPI remains responsible for discovery, acquisition, MinerU parsing, paper gate, human approval, and record-only completion.

工作链路

EPI 的核心链路是 profile-driven high-quality paper collection -> source-first paper bundle -> reader/critic review -> staging -> human approval -> wiki handoff -> provenance record。 PRW 的核心链路是 EPI handoff -> wiki state check 或 read-only wiki ask -> formal page write/update/redo/relink -> provenance/language/QMD check -> EPI record readiness report。

链路含义如下：

• 画像驱动检索：根据研究画像、当前问题和领域配置生成检索意图，避免把插件固定成单一学科工具。
• 论文候选排序：按主题相关性、来源质量、论文类型、指标证据和可复现性线索筛选候选。
• source-first 保存：优先保留 PDF、metadata、MinerU Markdown、TeX、图片和 manifest，缺关键来源时不进入正式 wiki。
• 解析与阅读：用 MinerU 解析论文，再生成结构化阅读、证据地址和 claim-support 信息。
• critic 复核：对论文身份、方法证据、公式/图表支撑、实验指标、SOTA/性能声明和局限性进行可靠性检查。
• staging 与人工确认：先进入 EPI staging 和 gate 记录，由人工确认是否继续沉淀。
• wiki handoff：把通过 gate 的论文交给 PRW / Obsidian / LLM Wiki 写作链路，正式正文默认中文，英文仅保留题名、术语、缩写、证据字段和路径。
• provenance record：记录 final-source-review、页面 hash、artifact hash、source bundle 状态和写入生命周期，确保后续可审计。

功能范围

• 学术论文发现、候选排序和研究队列维护。
• PDF 获取、metadata 固化、MinerU 解析和 source bundle 完整性审计。
• reader 输出、claim-support、evidence map 和 critic quorum。
• paper gate、human approval、wiki-ingest handoff、wiki-ingest trigger 和最终 record。
• Obsidian/LLM Wiki 目录初始化、graph 可见性修复、formal 页面语言策略和 provenance 约束。
• run lifecycle、dashboard、研究队列、Zotero 同步和质量演化建议。
• EPI wiki-ask 只读查询：从正式论文 wiki graph 检索，标记 wiki 证据、综合判断、推断、不确定性和纠错候选。
• 基于 skill-based architecture 的轻量路由：插件根入口保持 thin shell，具体任务交给 skill 与模块化脚本，独立子任务可在用户授权后交由 Codex subagents 完成。
• PRW 正式 wiki 侧闭环：根据 wiki 提问、提取 EPI 论文、检测 wiki 库、更新正式页、重做/更详细提取、重link、修复 tracking/QMD surface，并把剩余 EPI record-wiki-ingest 动作报告清楚。

依赖

EPI 依赖以下能力，但安装插件本身不要求一次性全部配置完成：

• Codex 插件市场：用于发现、安装和更新 EPI。
• paper-search：用于学术论文搜索、候选返回和可选下载能力。
• MinerU：用于 PDF 到 Markdown、TeX、图片和 manifest 的解析。
• EPI vault config：保存研究画像、领域、正负关键词、venue prior、预算和人工确认策略。
• Obsidian 或 LLM Wiki vault：承载 source-first deposition、PRW formal wiki 页面和 provenance record。
• Zotero：可选，用于文献库同步和后续引用管理。

外部依赖缺失时，EPI 应以 warning 方式提示可补配置项；插件结构损坏才属于安装级错误。

结构

仓库根目录承担插件市场源和发布说明职责。EPI 插件主体位于 plugins/epi/，PRW 插件主体位于 plugins/PRW/。

• plugins/epi/.codex-plugin/plugin.json：EPI marketplace 元数据、版本号、展示文案和 skill 声明。
• plugins/PRW/.codex-plugin/plugin.json：PRW marketplace 元数据、版本号、展示文案和 skill 声明。
• AGENTS.md：插件级 thin shell 路由入口，说明如何按任务类型匹配 skill。
• plugins/epi/skills/：用户可触发的 EPI skills，包括配置、发现、ingest、MinerU 解析、wiki setup、provenance、run lifecycle、topic tracking 和 Zotero。
• plugins/PRW/skills/：PRW 的 paper-research-wiki 用户入口和 paper-wiki-language 支持 gate。
• skills/routing.yaml：任务路由、闭环检查和本地约束。
• scripts/build/epi/：插件内部 Python 模块，承载 CLI 路由、source bundle audit、paper gate、wiki handoff、record workflow、graph visibility 和 language gate。
• docs/epi-linkage.md：EPI 总链路契约。
• docs/structure.md：模块、skill、artifact 和边界说明。
• docs/workflow.md：运行闭环、handoff 和 skill-based routing 约定。
• docs/progress.md：当前版本状态、验证结果、风险和下一步。

安装方式

在 Codex 的 Plugin Marketplaces 页面添加本仓库作为 marketplace source。Source 使用 https://github.com/initiatione/paper-search，Git ref 使用 main，Sparse path 留空。

添加 marketplace 后，在插件列表中选择 Paper Search，再安装 EPI 和 PRW。安装后在新线程中提及 @epi 可进入论文发现/采集/解析链路，提及 @prw 或 Paper Research Wiki 可进入正式论文 wiki 写入和维护链路；首次使用 EPI 时按 config-setup 的中文引导补齐研究画像、vault、paper-search、MinerU 和可选 Zotero 配置。

插件更新以 marketplace 版本为准。源码仓库中的修改需要发布到 marketplace 后，安装缓存中的 EPI/PRW 才会更新；codex plugin list、安装缓存目录和当前会话已加载技能是三个不同信号，检查运行态时必须分开报告。

开发规范

插件开发必须遵守 Plugin Development Rules。每次改动插件源码、skill、workflow、生成物 contract 或 marketplace 可见行为时，都要同步插件版本信息和相关文档；源码验证通过不等于安装缓存已经更新。

使用原则

• 不把不完整 raw bundle 写入正式 wiki。
• 不绕过 human approval 和 provenance record。
• 不把 MinerU 当作独立 marketplace 插件发布。
• 不把安装缓存当作开发源。
• 不把 formal wiki 正文默认写成英文。
• 不用 generic summary 替代 source-first、claim-support 和 evidence-addressed deposition。
• 不让 PRW 接管 EPI 的 discovery、MinerU、human approval 或 record-wiki-ingest；PRW 只负责正式页面写入、维护、检查和 record readiness 报告。