Materiais do Treinamento em Reprodutibilidade para Análise de Dados (TRAD2026), organizado pelas equipes do LNBio/CNPEM e do LNBR/CNPEM.
O treinamento aborda práticas fundamentais de reprodutibilidade computacional, distribuídas em três módulos independentes:
- Git: versionamento de código e colaboração.
- Containers: Singularity/Apptainer para ambientes reprodutíveis.
- Nextflow: orquestração de pipelines de análise de dados.
As atividades do TRAD2026 utilizam conjuntos de dados de genômica, transcriptômica, metagenômica shotgun e sequenciamento de amplicons do gene 16S rRNA.
A origem, os acessos públicos e a organização desses dados estão descritos em Descrição dos conjuntos de dados do TRAD2026 e disponíveis em https://zenodo.org/records/22071921 (DOI: 10.5281/zenodo.22071921).
| Módulo | Data | Horário | Local |
|---|---|---|---|
| Git | 04/09 | 8h15–13h | Sala 946E1 (Sirius) |
| Containers | 11/09 | 8h15–13h | Sala 946E1 (Sirius) |
| Nextflow | 18/09 | 8h15–13h | Sala 946E1 (Sirius) |
git clone https://github.com/cnpem/TRAD2026.git
cd TRAD2026Em seguida, entre no diretório do módulo desejado e siga o material correspondente.
O repositório está organizado em três módulos de treinamento e em arquivos complementares sobre os conjuntos de dados utilizados no curso:
TRAD2026/
├── .gitignore # Arquivos e diretórios ignorados pelo Git
├── containers-module/ # Material do módulo de containers
├── git-module/ # Material do módulo de Git
├── nextflow-module/ # Material do módulo de Nextflow
├── DATASETS_METADATA.xlsx # Metadados detalhados dos conjuntos de dados
├── DATASETS.md # Descrição dos conjuntos de dados do curso
├── OMICS_DATA_TYPES.md # Introdução aos principais tipos de dados ômicos
└── README.md # Apresentação geral do treinamento
Os diretórios git-module/, containers-module/ e nextflow-module/ contêm os materiais e exercícios correspondentes a cada módulo do treinamento.
O arquivo DATASETS.md apresenta os conjuntos de dados selecionados para as atividades, enquanto a planilha DATASETS_METADATA.xlsx reúne informações mais detalhadas sobre sua origem, seus identificadores e suas características.
O arquivo OMICS_DATA_TYPES.md oferece uma breve introdução aos dados ômicos abordados no curso, explicando o que são esses dados e quais tipos de informação biológica podem ser obtidos a partir deles. Sua leitura é especialmente recomendada para participantes que ainda não trabalharam com esse tipo de dado, pois apresenta conceitos que serão necessários para compreender as etapas de análise e os resultados explorados posteriormente nos módulos práticos.
Material desenvolvido pelas equipes do LNBio/CNPEM e LNBR/CNPEM:
- João V. S. Guerra (@jvsguerra) — LNBio/CNPEM
- Joaquim M. Junior (@jmartinsjrbr) — LNBR/CNPEM
- Monyque K. P. Silva (@kpsmonyque) — LNBR/CNPEM
- Nilson A. R. Coimbra (@nilsoncoimbra) — LNBio/CNPEM