comments to readme - #2
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sjanssen2
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sjanssen2
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Hey @chaseU2,
for the first time, I used your cool new package for one of my datasets. I had some issues executing the necessary qiime2 ancom steps and naming schemas. But it worked in the end :-) although I could not spot sign. diff. taxa :-(
Some of my thought are listed here as comments
| pip install git+ssh://git@github.com/jlab/ancombc2-heatmaps.git | ||
| ``` | ||
|
|
||
| The package requires QIIME2 because `.qza` feature tables are loaded through the QIIME2 API. |
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naja, braucht man nicht auch qiime um ancombc zu rechnen?
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wenn ich das im Code richtig überblicke, lädst Du wirklich nur die feature tabelle mit qiime, oder?
Da qiime2 ein fetter Moppel ist und sehr strikt mit dependencies umgeht wäre es vielleicht doch nicht so schlecht diese Abhängigkeit los zu werden. Vielleicht kannst Du direkt aus einer biom Datei lesen (und davor das qza entpacken)?!
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was hälst Du hiervon:
def load_qza_table_as_df(path: str) -> pd.DataFrame:
with zipfile.ZipFile(path, "r") as zf:
for fo in zf.namelist():
if fo.endswith('feature-table.biom'):
with zf.open(fo) as f:
biom_bytes = f.read()
bio = io.BytesIO(biom_bytes)
with h5py.File(bio, "r") as h5:
table = Table.from_hdf5(h5)
df = pd.DataFrame(table.matrix_data.T.todense().astype(int),
index=table.ids(axis='sample'),
columns=table.ids(axis='observation')).T
df.index = df.index.astype(str)
df.columns = df.columns.astype(str)
return df
| ```bash | ||
| wget https://raw.githubusercontent.com/qiime2/distributions/dev/2026.1/amplicon/released/qiime2-amplicon-ubuntu-latest-conda.yml \ | ||
| -O qiime2-amplicon-2026.1.yml | ||
|
|
||
| conda env create \ | ||
| -n qiime2-amplicon-2026.1 \ | ||
| -f qiime2-amplicon-2026.1.yml | ||
| ``` |
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hier würde ich auf die qiime2 docs verweisen, damit Du nicht ständig die Links updaten musst, wenn die wieder eine neue Version releasen
| | File type | Format | Used for | | ||
| |---|---|---| | ||
| | Metadata table | `.tsv`, `.txt` or `.csv` | sample information, groups, timepoints and subsets | | ||
| | QIIME2 feature tables | `.qza` | relative abundance calculation | |
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vor oder nach rarefaction?
| sample_4 day_1_post irradiated Apc male | ||
| ``` | ||
|
|
||
| In the config, these columns are specified with: |
|
|
||
| ## 2. QIIME2 feature tables | ||
|
|
||
| Feature tables must be QIIME2 `.qza` tables that can be loaded as BIOM tables. |
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muss es wirklich eine Tabelle pro Zeitpunkt sein? Wäre es nicht komfortable, wenn man nur eine Tabelle angibt und das Plugin sich die entsprechenden Spalten = Samples zusammensucht?
|
|
||
| ## 3. Exported ANCOM-BC2 result files | ||
|
|
||
| Each exported ANCOM-BC2 result folder must contain: |
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wenn man doch die feature tabelle als qza verwenden kann, warum dann nicht auch die ancom Ergebnisse als qza? Oder verwendest Du für die Berechnung von ancom gar nicht das qiime2 plugin?
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||
| --- | ||
|
|
||
| ## Minimal complete example |
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vielleicht willst Du auch noch Kommandos mit angeben wie man
a) eine Featuretabelle in entsprechende kleine FeatureTabellen für jeden Zeitpunkt zerlegt
b) man die eigentliche Ancom Berechnung durchführt
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||
| ```text | ||
| real_ANCOMB_BC2/ | ||
| ├── baseline1_treat_ANCOMB_exported/ |
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warum taucht das tax level (Genus) hier nicht mehr im Datei oder Ordnernamen auf?
1 participant
DO NOT MERGE!!