PyHIamp (PHA) es una librería para recibir y almacenar datos (EEG, EMG, ECG y EOG) provenientes del amplifcador g.HIamp entre otras características (ver sección Características).
PHA utiliza Lab Streaming Layer (LSL) como interfaz entre g.HIamp y Python a través de PyLSL . LSL es un sistema para la transmisión de datos de tiempo real entre aplicaciones en la misma máquina o en la red.
PyHIamp es un desarrollo del Laboratorio de Neruociencias e Inteligencia Artificial Aplicada (Neuro-IA Lab) de la Universidad Tecnológica del Uruguay.
- 0.1.1: Se implementa método streaming.signal._getSyntheticEEG() para generar eeg sintéticos. Se mejorará a un espectro 1/f.
El emplificador g.HIAMP envía los datos de la señal de EEG y los eventos registrados por el trigbox a través de g.NEEDAccess. Utilizando el protocolo LSL, los datos son transmitidos a través de la red local con una IP y puerto específicos. Por otro lado, usando PyLSL se generan eventos y marcadores importantes de la sesión expermiental. Además, se pueden recibir datos para graficarlos en tiempo real.
Los datos provenientes del amplificador, como los eventos y marcadores generados con PyLSL se guardan en un archivo XDF a través de LabRecorder
- Recibir datos de señal y eventos provenientes de g.HIamp y almacenarlos en un archivo XDF usando LabRecorder.
- Generar eventos y enviarlos a través de LSL.
- Almacenar los datos en un archivo XDF usando LabRecorder.
- Entorno gráfico para ejecutar los módulos de PyHiamp de manera separada, con mensajes de estado de sesión, entre otros datos útiles.
- Sintetizador de señal para emular el g.HIAMP.
- liblsl
- Lab Streaming Layer (LSL). Documentación oficial acá.
- App-Input
- g.NeedAccess (g.HIamp)
- Python 3.12
- PyLSL
- pyxdf para lectura de archivos XDF. El formato de los XDF puede estudiarse acá. La meta data recomendada para archivos que contengan información de EEG se puede encontrar acá.
- NumPy
- SciPy
- Matplotlib
- Pandas
- PyQt6
Se recomienda crear un entorno virtual para instalar las dependencias de python y los archivos de liblsl. Para crear un entorno virtual se puede usar el comando conda create --name <nombre_entorno> python=3.12 (asumiendo que se tiene instalado miniconda).
El primer paso es descargar la librería liblsl. Hay dos formas de obtener la librería:
- Desde la Release page.
- Desde la nube de Anaconda ejecutando
conda install -c conda-forge liblsl(forma recomendada habiendo activado el entorno virtual del paso 1).
Más info Getting and using liblsl.
Para instalar PyLSL se puede usar el comando pip install pysls (es importante haber activado el entorno virtual del paso 1).
Para instalar PyHIamp se puede usar el comando pip install pyhiamp (es importante haber activado el entorno virtual del paso 1).
Descargar e instalar LabRecorder.
Para poder obtener datos desde el almplificador g.HIAMP es necesario ejectutar gNEEDaccess de LSL. Se puede descargar desde aquí App-g.Tec/gNEEDaccess o bien se puede descargar la versión v0.14 desde la sección apps.
- Para que gNEEDaccess funcione correctamente es necesario que el servicio GDSServerService esté ejecutandose. En las pruebas realizadas, este servicio se ejecuta cuando se inicia g.TecSuite.
- En mi experiencia, para poder obtener datos desde el g.HIAMP es necesario,
- Escanear el amplifcador con Scan.
- Conectar con Connect.
- Configurar el dispositivo con Config Device, aún si no hay nada que configurar, es necesario entrar a la ventana.
- Iniciar streaming con Start.
En teoría, todo está listo para usar PyHIamp.