workflow.csv

Unnamed: 0,Unnamed: 1,4-1BB,B7-H3,Bcl-2,Beta-catenin,CCR7,CD11b,CD11c,CD123,CD127,CD138,CD14,CD15,CD16,CD163,CD19,CD20,CD27,CD3,CD31,CD34,CD38,CD39,CD4,CD40,CD45,CD45RA,CD56,CD68,CD8,CTLA4,EGFR,EpCAM,FABP4,FOXP3,Fibronectin,GITR,GZMA,GZMB,HLA-DR,Her2,ICAM1,ICOS,IDO1,IL-18,IL-1b,IgD,Ki-67,LAG3,LAMP1,Ms IgG1,NF-kB p65,PD-1,PD-L1,PD-L2,Rb IgG,SMA,STING,TCF7,Tim-3,VISTA,Vimentin,iNOS,p53,pan-RAS
all,Immune,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
all,Stroma,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,neg,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Immune,Myeloid,,,,,,,,,,,pos,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Immune,T Cells,,,,,,,,,,,,,,,,,,anypos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Immune,B Cells,,,,,,,,,,,,,,,pos,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Myeloid,Macrophages,,,,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Myeloid,Dendritic Cells,,,,,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Myeloid,Monocytes,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Immune,NK Cells,,,,,,,,,,,,,,,,,,neg,,,,,,,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Immune,Plasma Cells,,,,,,,,,,pos,,,,,,,,,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Myeloid,Neutrophils,,,,,,,,,,,,anypos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Dendritic Cells,pDCs,,,,,anypos,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Macrophages,M1 Macrophages,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,pos,,
Macrophages,M2 Macrophages,,,,,,,,,,,,,,pos,,,,,,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Stroma,Endothelial,,,,,,,,,,,,,,,,,,,anypos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Stroma,Epithelial,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,anypos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Stroma,Fibroblasts,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,pos,,,
T Cells,CD4+ T Cells,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
T Cells,CD8+ T Cells,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
CD4+ T Cells,Tregs,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
T Cells,Naive T Cells,,,,,pos,,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,pos,,,,,,
T Cells,Effector Memory T Cells,anypos,,,,,,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,neg,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
T Cells,Exhausted T Cells,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,pos,,,,pos,,,,,,,pos,,,,,
CD4+ T Cells,Tfh Cells,,,pos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,pos,,,,,,,,,,,,
CD8+ T Cells,CD8+ Cytotoxic,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,anypos,anypos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,