Pangraph: Visualizzatore di Grafi Pangenomici

Pangraph è un progetto di bioinformatica progettato per visualizzare, analizzare ed esportare grafi pangenomici. Grazie a un'interfaccia intuitiva basata su Dash, gli utenti possono esplorare grafi pangenomici, evidenziare varianti genetiche (bolle) e esportare dati in formato CSV per ulteriori analisi.

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Caratteristiche Principali

• Caricamento di grafi pangenomici da file in formato GFA.
• Visualizzazione interattiva del grafo con nodi cliccabili e pannello laterale per i dettagli.
• Evidenziazione delle bolle genetiche, che rappresentano varianti come SNP o inserzioni/delezioni.
• Esportazione dei dati dei nodi in formato CSV.

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Prerequisiti

Per utilizzare Pangraph, è necessario avere installato:

• Python 3.8 o superiore
• Git per clonare il repository (opzionale, in alternativa puoi scaricare il file .zip)

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Installazione e Avvio

Seguire questi passaggi per scaricare, installare e avviare il progetto.

1. Scarica il progetto

Opzione 1: Clonare il repository da GitHub

Apri il terminale e inserisci il seguente comando:

git clone https://github.com/Jacopodd/Pangraph.git
cd Pangraph

Opzione 2: Scarica il file ZIP

1. Vai alla pagina del repository su GitHub.
2. Clicca su Code > Download ZIP.
3. Estrai il file ZIP e apri la cartella estratta nel terminale.

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2. Crea l'ambiente virtuale

Crea un ambiente virtuale per isolare le dipendenze del progetto:

python -m venv venv

Attiva l'ambiente virtuale:

• Windows:

  .\venv\Scripts\activate

• macOS/Linux:

  source venv/bin/activate

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3. Installa le dipendenze

Installa tutte le librerie richieste usando il file requirements.txt:

pip install -r requirements.txt

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4. Avvia l'applicazione

Esegui l'applicazione con il seguente comando:

python -m src.app

Dopo qualche secondo, l'app sarà disponibile nel browser all'indirizzo:

http://127.0.0.1:8050

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Utilizzo

1. Carica un file GFA:

   • Inserisci il percorso di un file GFA (esempio: data/example_1.gfa) e clicca su "Carica Grafo".

2. Interagisci con il grafo:

   • Clicca su un nodo per vedere i dettagli nel pannello laterale.

3. Evidenzia le bolle:

   • Clicca su "Evidenzia Bubbles" per evidenziare le varianti genetiche.
   • Usa "Reset Evidenziazione" per tornare al grafo iniziale.

4. Esporta i dati in CSV:

   • Clicca su "Esporta in CSV" per scaricare un file con i dettagli dei nodi.

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File di Esempio

All'interno della cartella data, troverai diversi file GFA di esempio da utilizzare per testare l'applicazione:

• example_1.gfa: Grafo semplice.
• example_10.gfa: Grafo complesso con più bolle e cicli.

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Problemi Comuni

1. L'app non si avvia

• Assicurati di aver attivato l'ambiente virtuale.
• Verifica di avere Python 3.8 o superiore installato.

2. Errore "ModuleNotFoundError"

• Assicurati di aver eseguito il comando pip install -r requirements.txt.

3. Il grafo non si carica

• Controlla che il percorso del file GFA sia corretto e che il file esista.

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Contributi

Se vuoi contribuire al progetto, sentiti libero di fare un fork del repository, apportare modifiche e inviare una pull request.

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Licenza

Questo progetto è distribuito sotto la licenza MIT. Consulta il file LICENSE per maggiori dettagli.