lammps-tools

Разные полезности для удобной работы с LAMMPS

Скрипты

archive_run.py

Архиватор запусков LAMMPS. Запускает расчет, опционально компилирует дампы NEB, архивирует полезные файлы, удаляет ненужные файлы.

В начале скрипта словарь patterns хранит шаблоны имен файлов, которые будут заархивированы и удалены.

# python archive_run.py --help
usage: LAMMPS Runner [-h] [-c] [-d] [-m MESSAGE] [-r] command

Runs LAMMPS, compiles NEB files, archives all data

positional arguments:
  command               LAMMPS command to run

options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -c, --skip-neb        Skip compiling NEB
  -d, --skip-delete     Skip deletion of files
  -m MESSAGE, --message MESSAGE
                        Create run description in description.txt. Skips doing it interactively
  -r, --recover         Try to recover a failed run, doing everything except running command

Пример запуска

python archive_run.py -m "ontop K=100" mpirun -np 8 lmp -partition 8x1 -var K 100 -in ontop-neb.lmp

Зависимости

• rich (необязательно)
• export LAMMPS_PYTHON_TOOLS=/<...>/lammps/tools/python/pizza в файле ~/.bashrc (см. документацию)

runs_analyze.py

Анализатор расчетов LAMMPS, работающий с результатами расчетов, созданными скриптом выше. ⚠️WIP🚧

Зависимости

• rich (необязательно)
• plotly
• pandas

Просмотрщики

• view-lammpsdata-in-ase-3x3x1.cmd
• view-lammpsdata-in-ase.cmd
• view-poscar-in-ase-3x3x1.cmd
• view-poscar-in-ase.cmd
• view-xyz-in-ase-3x3x1.cmd
• view-xyz-in-ase.cmd

При перетаскивании файла на этот скрипт откроется окно просмотрщика ASE. Скрипты с 3x3x1 в названии показывают ячейку, повторенную трижды вдоль осей X и Y.

• lammpsdata --- файлы, записанные LAMMPS директивой write_data
• poscar --- файлы POSCAR (VASP)
• xyz --- файлы XYZ

Для работы необходим установленный ASE.

Прочее

run-with_lammps.cmd

При перетаскивании файла на этот скрипт, файл будет запущен LAMMPS