temperature — 用 DLC + 热成像测小鼠体温

把彩色相机上跑出的 DeepLabCut 关键点（眼睛/尾巴等）映射到热成像视频，从伪彩亮度反推出实际温度 (°C)。

模块

目录	作用
alignment/	双相机标定 + 彩色 → 热成像几何映射，DLC 点反映射到 thermal
thermometry/	intensity → 温度 (°C) 标定、逐帧体温计算、汇总与可视化
respiration/	胸腔 ROI 帧间运动（起伏）→ 带通 + FFT → 呼吸频率（次/分）
docs/	algorithm_overview.md（算法报告）/ alignment.md / thermometry.md / respiration.md / deeplabcut.md / performance.md
dlc_*.py	DLC 项目辅助脚本（标点、修复、工作流）

主要工作流

彩色视频 + DLC 模型
        │
        │  python -m alignment.dlc sample
        ▼
data/aligned/dlc/<stamp>_thermal_intensity.csv
        │
        │  python -m thermometry fit + apply
        ▼
data/aligned/dlc/<stamp>_temperature.csv
        │
        ├── python -m thermometry summary  → 汇总 csv
        ├── python -m thermometry plot     → 折线图 PNG
        └── python -m thermometry overlay  → 叠加视频 mp4

详细命令与参数见 docs/ 下的对应文档。

仓库注意

• 数据视频 data/ 与 DLC 训练项目 dlc_project/ 都已通过 .gitignore 排除，仓库只跟踪代码。
• 你需要自行准备：
  • data/color/top*.mp4、data/thermal/temp*.mp4
  • DLC 训练好的 snapshot（放入你本地 dlc_project/）
  • alignment/transform.json（运行 python -m alignment.tune 标定）
  • thermometry/anchors.json（按 thermometry/anchors.example.json 填）

环境

conda activate DEEPLABCUT
# 主要依赖：deeplabcut, opencv-python, pandas, numpy, matplotlib