Genoversikt – Organ ↔ Gen graf

Interaktiv visualisering av sambanden mellan ärftliga genmutationer och tumörsjukdomar/organ, baserad på RCC:s nationella vårdprogram.

Källa: kunskapsbanken.cancercentrum.se/.../genoversikt

Innehåll

genoversikt-graf/
├── README.md                       ← denna fil
├── data/
│   ├── genoversikt-source.html     ← HTML-snapshot av RCC-sidan (källa)
│   ├── genoversikt-raw.json        ← (genereras av parse_full.py) rå struktur utan kanonisk mapping
│   ├── genoversikt.json            ← kanonisk struktur (87 originalnycklar + 47 kanoniska organ)
│   └── graph_edges.json            ← (genereras) härledda edges (organ ↔ gen) för grafen
├── scripts/
│   ├── parse_full.py               ← HTML → data/genoversikt-raw.json
│   ├── build_canonical.py          ← raw → data/genoversikt.json (innehåller MAPPING-tabellen)
│   └── build_graph_html.py         ← genoversikt.json → public/index.html + data/graph_edges.json
└── public/
    ├── index.html                  ← grafen (deploybar)
    └── genoversikt.json            ← kopia av datat (för "Ladda ned data"-knappen i grafen)

Dataflöde

RCC HTML (data/genoversikt-source.html)
         │  parse_full.py
         ▼
data/genoversikt-raw.json   ← organrubrik → mutationer (osanerade nycklar)
         │  build_canonical.py  (innehåller MAPPING)
         ▼
data/genoversikt.json       ← + kanoniskt_organ, subkategori, kanoniska_organ-index
         │  build_graph_html.py
         ▼
data/graph_edges.json       ← (organ, gen) → metadata
public/index.html           ← graf med embedded edge-data
public/genoversikt.json     ← kopia (för download-knappen)

Vanliga uppgifter

Iterera på grafens utseende eller interaktion

Redigera HTML_TEMPLATE i scripts/build_graph_html.py. Kör sedan:

python scripts/build_graph_html.py

Öppna public/index.html i webbläsare för att se resultatet.

Justera den kanoniska mappningen

Redigera MAPPING-dict:en i scripts/build_canonical.py. Kör sedan:

python scripts/build_canonical.py
python scripts/build_graph_html.py   # regenerera grafen

Hämta nyare version av RCC-sidan

Spara den nya HTML-källan som data/genoversikt-source.html (t.ex. via WebFetch eller curl), och kör hela kedjan:

python scripts/parse_full.py
python scripts/build_canonical.py
python scripts/build_graph_html.py

build_canonical.py varnar om nya organrubriker dyker upp som inte finns i MAPPING — då behöver du lägga till dem innan kedjan slutförs.

Deploya grafen

Dra public/-mappen till app.netlify.com/drop. Filen index.html är fristående (inga externa beroenden) och genoversikt.json finns i samma mapp så download-länken funkar.

Beroenden

• Python 3 med beautifulsoup4:

  pip install beautifulsoup4

• Inga JS- eller bibliotek-beroenden för grafen (vanilla JS+SVG).

Datadetaljer

• 74 gener (varianter inkluderar monoallelisk/biallelisk-suffix där det skiljer)
• 171 organ-kort totalt
• 87 originalnycklar (organrubriker som de står på RCC-sidan)
• 47 kanoniska organkategorier efter normalisering
• 170 kanter (organ ↔ gen) i grafen

Varje kant har: syndrom, ev. subkategori, livstidsrisk, och pekare till alla originalnycklar som matchar (för "Bröst" t.ex. samlas Bröst, Bröst (kvinnor), Bröstcancer m.fl.).

Uppdateringshistorik

• 2026-04-26: Initial extraktion + kanonisk mapping + force-directed graf.

Licens

• Kod (scripts/ + grafens HTML/JS): MIT
• Data (data/ samt public/genoversikt.json): CC BY 4.0

Datat är en sammanställd och normaliserad mappning härledd ur publika kliniska vårdprogram (RCC, EAU m.fl.). CC BY 4.0 gäller denna sammanställning och dess grafrepresentation, inte de underliggande källdokumenten, vars upphovsrätt ligger kvar hos respektive utgivare. Materialet är ett referens-/beslutsstöd, inte en klinisk rekommendation.