FinisterraeQsub

 qsub -l num_proc=1,s_rt=20:00:00,s_vmem=32G,h_fsize=2G -pe mpi 32 /home/csic/eda/msp/xmipp_example.pbs

qsub -l num_proc=nproc, s_rt=hh:mm:ss, s_vmem=memoria, h_fsize=disco –pe mpi slots job.sh

En donde:

• slots (-pe mpi [slots]) indica el número de veces que se solicita "num_proc" cores a utilizar. El número total de cores utilizados será el producto: slots*n_proc. Éste es el único parámetro opcional, el resto de parámetros son obligatorios para todos los trabajos. Los procesos MPI podrán ir a un mismo nodo o a nodos distintos. La política de ocupación intentará llenar el máximo número de procesos MPI por nodo.
• num_proc indica el número de procesadores por nodo. El número de procesadores total del trabajo será num_proc*slots (sólo deberá ser mayor que 1 en el caso de aplicaciones de memoria compartida como OpenMP?)
• s_rt: es el tiempo máximo de ejecución del trabajo
• s_vmem la memoria máxima del trabajo (por nodo)
• h_fsize: la ocupación máxima en disco scratch (por nodo)

Enviar trabajos MPI

Solicitar 4 procesos MPI:

qsub -l num_proc= job.sh

Enviar trabajos con threads

Solicitar 4 hilos:

qsub -l num_proc=, s_rt=hh:mm:ss, s_vmem=memoria, h_fsize=disco job.sh

Enviar trabajos mixtos (MPI+threads)

Solicitar 3 procesos MPI cada uno de ellos con 4 hilos (total 12 cores):

qsub -l num_proc= job.sh

-- Main.RobertoMarabini - 30 Apr 2008